El 2024 llegó a su fin para Junior con un sabor agridulce. Tras caer ante América de Cali en el cierre de los cuadrangulares (1-0), el equipo rojiblanco quedó eliminado de la carrera por la final de la Liga BetPlay, cerrando su participación en esta fase con 7 puntos. 2 victorias, un empate y 3 derrotas no fueron suficientes para cumplir el sueño de disputar el título del segundo semestre, dejando en evidencia los altibajos que marcaron su desempeño a lo largo del año en que tuvo a Arturo Reyes y César Farías como entrenadores.
Pese a llegar a instancias definitivas en varios torneos, no lograron alzar ningún trofeo. La Superliga, el primer gran objetivo, se escapó perdiendo con Millonarios. En la Copa BetPlay, cayó eliminado en octavos de final por Independiente Medellín, mientras que su paso por la Copa Libertadores también terminó en esa instancia perdiendo con Colo Colo. Aunque Junior mostró destellos de calidad, la falta de consistencia fue un factor determinante en su desenlace.