Un 7 de agosto de hace 99 años, Micaela Lavalle de Mejía fundó Juventud Infantil, que fue la primera piedra de lo que hoy es Junior. Micaela lo creó para que sus hijos Marcos, Juan y Gabriel le dieran rienda suelta a su pasión por el fútbol.

En su participación en el primer campeonato de fútbol profesional, en 1948, alcanzó el subtítulo, y creció gracias a una legión brasileña.

Esa escuela brasileña dio paso, por idea del empresario y líder político, Fuad Char, que se vinculó como dirigente en 1972, a la argentina, que de la mano de José Varacka sentó las bases para formar un equipo campeón.

Ya son nueve los títulos de Liga que posee, dos de Copa Colombia y dos de Superliga. También ha llegado a una semifinal de Copa Libertadores y a una final de la Copa Sudamericana.
Por sus filas han pasado grandes jugadores como Heleno de Freitas, Dida, Victor Ephanor, Efraín ‘el Caimán’ Sánchez, Juan Ramón Verón, Carlos Valderrama, Juan Carlos Delménico, Gabriel Berdugo, Víctor Pacheco, Iván René Valenciano, Carlos Bacca, Teófilo Gutiérrez, Giovanni Hernández, Sebastián Viera y Luis Díaz, entre muchos otros.